Gaussian入門(三)—模型建立(高斯建模)
- 有單晶結構:從cif文件建立
- 無單晶結構:GaussView建模
- ChemOffice建模
一、GaussView簡介
1、GaussView的功能
- Gaussian的配套可視化工具
- 計算模型的建立
- 輸入文件的建立
- 結果的可視化
- 軌道圖形的查看
- 振動模式的歸屬
- 光譜結果的查看
2、GaussView注意事項
不建議用Calculate向Gaussian提交計算任務
- 有冗余坐標
- 有些非必須關鍵詞
- 輸出信息并未指定
二、從cif文件建立模型
1、單晶數據來源
- CCDC官網查詢已有的單晶結構下載 https://www.ccdc.cam.ac.uk/
- 離線軟件CSD下載
- 最新的文獻報道的單晶
- X-射線單晶衍射
2、步驟
- 用diamond等打開cif文件,取出結構單元
- 保存為.mol,.mol2文件格式
- 用GaussView打開再保存為.gif文件
3、從ChemOffice建模
- 使用ChemDraw建立平面結構
- 導入Chem3D顯示3D結構
- 保存為.mol2格式
- 使用GaussView打開,保存為.gif格式
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